Treefinder

[-PPT-]

Mielenkiintoinen artikkeli saksalaisesta tiedemiehestä. Joku asian teknisestä laadusta paremmin perillä oleva voinee kertoa tarkemmin mutta kyse on että hän on kehittänyt softan ja hänellä on siihen oikeus, liittyy bioinformaatioon, mutta hän on kieltänyt sen käytön tutkijoilta kahdeksassa Euroopan maassa jotka ottavat eniten ei-eurooppalaisia siirtolaisia maihinsa.

Näitä maita on hänen oma maansa Saksa, Itävalta, Ranska, Alankomaat, Belgia, Britannia, Ruotsi ja Tanska.

Gangolf Jobb on jonkin sortin periaatteen mies joka ei halua, että hänen keksintöänsä käytetään maissa joissa eliitti edistää ko maiden itsemurhaa. Artikkelin kommenttiosia on rautaa sekä nuivine että mokuttavine kommentteineen.

http://news.sciencemag.org/europe/2015/09/scientist-revokes-software-license-protest-immigration-friendly-policies

[ike60]

Gangolf Jobbin luoma ohjelma laskee geneettisestä tiedosta (teknisesti ottaen nukleotidisekvensseistä) eliölajien välisiä sukulaisuussuhteita kuvaavia puita. Nämä sukulaisuussuhteet kuvastavat lajien - tai vaikkapa saman lajin eri populaatioiden - välisiä evoluutiosuhteita. Kyseisiä puita kutsutaan fylogeneettisiksi puiksi.

Fylogeneettisen puun oksien haarakohtia kutsutaan solmuiksi. Kukin solmu esittää lähempänä lehtiä olevien solmujen viimeistä yhteistä esi-isää, ja puun avulla voidaan päätellä karkeasti ajankohta jolloin kyseinen esi-isä on elänyt.

Fylogeneettisten puiden muodostaminen nukleotidisekvensseistä on sangen työlästä, joten Treefinderin kaltaisille ohjelmille on suuri tarve niillä biologian osa-alueilla joilla kyseisiä puita käytetään: bioinformatiikassa, systematiikassa ja vertailevassa fylogenetiikassa. Treefinderiä on käytetty sadoissa tieteellisissä julkaisuissa. Sillä on Jobbin mukaan monia etuja vaihtoehtoisiin ohjelmiin verrattuna: se on suhteellisen nopea ja helppokäyttöinen. Se laskee puut suurimman tilastotieteellisen uskottavuuden (maximum likelihood) menetelmällä. Se näyttää muodostamansa puut graafisesti, ja esittää samalla puun aineistosta saaman tilastollisen tuen (siis kuinka uskottavaa käytetyn aineiston pohjalta on, että puu on nimenomaan esitetyn lainen). Sen avulla voi tehdä erilaisia analyysejä, kuten juuri arvioida milloin viimeisin yhteinen esi-isä on elänyt. Se tukee erilaisia tilastotieteellisiä  toimintoja kuten hypoteesin testausta ja mallinvalintaa.

Muuttaessaan lisenssiehtoja Jobb sanoi:

En halua enää tukea työlläni Euroopan ja Saksan poliittista järjestelmää, josta tiedejärjestelmä on osa. Ei ole aitoa demokratiaa, ja olen eri mieltä lähes kaikesta poliittisesta linjasta. Erityisesti olen eri mieltä maahanmuuttopolitiikasta. Maahanmuutto maahani vahingoittaa minua, se vahingoittaa perhettäni, se vahingoittaa kansaani. Kuka tahansa joka kutsuu maahanmuuttajia Eurooppaan tai Saksaan, tai toivottaa heidät tervetulleiksi, on viholliseni. Maahanmuutto on jättiyritysten etu, ei kansojen etu. En vastusta pakolaisten auttamista, mutta heidät pitäisi pitää tiukasti erillään meistä eurooppalaisista, heidät tulisi pitää täällä vain rajattu aika jonka jälkeen he palaisivat kotiin, ja heitä ei pitäisi integroia tänne halpatyöläisinä ja ylimääräisinä kuluttajina. Maahanmuutto pitkittää tarpeettomasti kapitalismin luhistumista, sen lopullista kriisiä. Mitä nopeammin järjestelmä romahtaa, sitä enemmän vahinkoa voidaan välttää. Mahdollisesti sisällissota Euroopassa. Puhumattakaan meidän eurooppalaisen geneettisen ja kulttuurisen perintömme menettämisestä.

Jobbin toiminnalle on tietenkin löytynyt arvostelijoita, joista ehkä kärkkäin on mistäpä muualtakaan kuin Ruotsista:

Sanoisin että Treefinderin käyttömahdollisuuden puuttuminen ei olisi suuri menetys kenellekään [..] Lopettaisin [Treefinderin] käytön yleisistä periaatesyistä, vaikka meidän pitäisi turvautua kynän ja paperin käyttöön.